検査自体は15～30分程度です。ポリープの切除が必要な場合や、挿入が難しい方は60分程度必要なこともあります。

※下剤（経口腸管洗浄剤）を飲んで腸をきれいにする時間が3～5時間程度かかります。また検査で鎮静剤を使用した場合には検査後に30～60分程安静にしていただく必要があります。