(1)器質的疾患（炎症や腫瘍など目に見える病気）が無いことを確かめる。 
(2)症状が過敏性腸症候群に一致するかを確かめる

(1)については血液検査、大腸内視鏡検査、Ｘ線検査などを行います。これらの検査もすべての人に一律に行うのでなく、発熱、血便、体重減少など器質的疾患の疑わしい人には詳しく、そうでない人には簡単に行います。少し専門的になりますがその詳細は厚生労働省の研究班によって作成された「心身症・治療ガイドライン」の過敏性腸症候群の診断ガイドラインで示します。

(2)については腹痛または腹部不快感があり同時に便秘または下痢があることが大前提で、1)排便後に腹痛が軽くなる、2)腹痛が始まると便秘または下痢になるという特徴を備えている必要があります。また、これらの症状が長期間（数カ月以上）続いている必要があります。 また排便後に便が残った感じ、トイレに行きたくなると我慢できなくなる感じ、トイレに行ってもスムーズに便がでない感じなどがあると診断の参考になります。
 　これらの条件は「RomeⅢ（ローマ・スリー）」と呼ばれる診断基準にまとめられ、全世界で使われています。